商业用房拆迁的补偿要根据当地的市场价，以及拆迁的用途具体的数额要和拆迁人协商确定具体的拆迁补偿金。

实践中，商业用房拆迁补偿金一般由双方当事人协商约定。在签订协议前，拆迁当事人还可能委托房地产评估机构对被拆迁房屋进行评估，当事人可以参照评估结果订立拆迁补偿协议，确定补偿金额。

如果拆迁当事人不能达成拆迁补偿协议，可以申请拆迁主管部门进行行政裁决，在裁决中,如果被拆迁房屋尚未经过拆迁评估,或裁决机构认为原评估机构的评估程序违法，拆机构也应当委托评估机构对被拆迁房屋进行评估。总之，被拆迁房屋的市场评估价是确定拆迁补偿款的标准。

根据法律法规的规定，评估机构在确定评估价格时必须采用市场比较法，综合考虑被迁房屋的区位、用途、建筑面积等因素。必要的情况下，还需要考虑房屋的使用情况、建筑构、楼层、朝向等因素。所以，拆迁补偿金的确定是对各种因素进行市场综合比较的一个过程。

1、货币补偿

货币补偿是通过不同的法定依据由专业的评估机构对被拆迁房屋进行专业的估价，生成有据可循的多元组成的补偿金额。

市场评估价是指被拆迁房屋的房地产市场价格，是由符合规定的专业估价机构，根据估价目的，遵循估价原则，按照估价程序，选用适宜的估价方法，并在综合分析影响房地产价格因素的基础上，对房地产在估价时点的客观合理价格或价值进行估算和判定的活动。

2、产权置换

产权置换也被称作产权调换，根据评估方法不同，有两种置换方式。价值标准产权置换指的是依照法定程序，通过对被拆迁人房屋的产权价值进行评估，之后再以新建房屋的产权予以价值的等价置换。面积标准产权置换指的是以房屋建筑面积为基础，在应安置面积内不结算差价的异地产权房屋调换。

产权置换分为两种形式：

异地安置。异地安置是指由于开发商项目不涉及住宅或由于该地块容积率原因，不能进行回迁安置，只能选择在其他地块上新建安置房，再通过产权的增减尽量以等价价值做到产权置换。

回迁安置。回迁安置是指开发商拆迁重建项目能够完成回迁安置，通过产权置换比例完成回迁安置。

3、结合型补偿

顾名思义，这种补偿方式就是指既给货币补偿又给产权置换。

由于我国城市化进程与其他诸多客观因素，导致房价和地价的虚高，因此造成了诸多不能够单单用货币补偿或者产权置换解决的问题，所以就出现了货币补偿和产权置换相结合的补偿方式。

商业用房拆迁补偿纠纷应当根据不同的情况予以不同的处理：

1、拆迁人与被拆迁人虽然达成拆迁合同，但因拆迁合同本身的效力问题、履行问题发生纠纷的处理问题。该类纠纷，系属平等主体之间的纠纷，也就是房屋拆迁合同纠纷，可以起诉至法院，法院以民事案件受理。

2、拆迁人与被拆迁人达不成协议发生纠纷的处理。可以由行政主管机关先进行裁决，而不选择直接起诉，当事人对行政裁决不服的，再进行起诉，人民法院应将作为行政案件受理。

也就是说拆迁人与被拆迁人之间就商业用房拆迁补偿问题无法达成协议而引起纠纷时，在请求有关部门处理时，当事人有选择权。既可以申请由房屋拆迁管理部门裁决，也可以直接向人民法院起诉。