1.法律依据不同。劳动合同的法律依据是《劳动法》、《劳动合同法》等。聘用合同的法律依据是《关于在事业单位试行人员聘用制度意见的通知》和《事业单位人事管理条例》等。
2.法律关系主体不同。劳动合同用人单位一方包括企业、事业单位、国家机关，另一方是劳动者。聘用合同用人单位为事业单位，另一方为劳动者。
3.未签订合同的法律后果不同。
4.试用期期限不同。劳动合同中的试用期最长不得超过六个月。聘用合同的试用期可以为12个月。
5.用人单位存在处罚权上的不同。在劳动合同主体上，双方具有同等法律地位，一方无分处分另一方。在聘用合同主体关系上，用人单位可以根据聘用人员错误程度，给予警告、记过、降低岗位等级或者撤职、开除的行政处分。
6.解除合同要求不同。
7.合同期满是否支付经济补偿金的不同。
8.管理监督部门不同。按照各部门的职能分工，劳动合同由人力资源和社会保障部门管理，事业单位除人力资源和社会保障部门管理外，还有分不同类型，则由不同的部门管理，学校归教育部门管理，医院归卫生健康部门管理，等等。
二、劳动合同三个月才签合法吗劳动合同三个月才签不合法。
根据《中华人民共和国劳动合同法》第七条用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。用人单位应当建立职工名册备查。
劳动合同违约，在一方出现劳动合同的违约情形时，应当按照合同约定的支付违约金，造成损失的，应当进行赔偿。找法网提醒您，但是用人单位与劳动者签订竞业禁止协议，劳动者违反协议规定的，不得约定违约金。
《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
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