一、补偿标准的缺失造成集体土地上房屋拆迁补偿随意性极大
土地管理法第四十七条第二、三款对土地征用的补偿费、安置补助费的规定比较明确，有具体的计算标准。但对农民房屋却没有补偿标准，由于城市房屋和农民房屋有诸多差异，城市房屋拆迁管理条例又不具有参照性。所以在执行过程中，各级政府制定的补偿标准随意性很大。这种随意性必然造成补偿标准不统一，也就不可避免产生纠纷。同时这种随意性也会造成补偿标准的不合理性，影响拆迁的进程。在一些地区政府为了引进投资，制定较低补偿标准，以牺牲农民的利益换取所谓好的投资环境，使农民的利益得不到应有保护，也必然为处理由此而产生的纠纷增加难度。
二、农民的私有财产所有权被剥夺
农民依法取得集体土地的使用权，即宅基地，在宅基地上农民所建的房屋属农民私有财产是无可非议的。而事实当征用发生时，由于缺乏法律对征用补偿法律关系的界定和规制，地方政府与村组签订《土地征用协议书》，协议中却将属于农民私有财产房屋一同处分。这种协议将私产与公产混为一起，其违法性显而易见。从法理而论，房屋作为农民私有财产，农民才是房屋所有权的主体，只能由农民自己进行处分，所以关于房屋拆迁的补偿应从土地征用中分离出来。
同时，房屋拆迁补偿协议作为一种民事法律关系，应当由拆迁人和被告拆迁人协商一致达成补偿协议，但是由于土地管理法将集体土地上的房屋纳入到土地征用补偿之中，房屋所有不直接参与协商,对被拆迁人的房屋进行价格评估，不通知被拆迁人到场，而是由拆迁人单方指定的评估机构进行评估，或者对共有财产只与共有人之一签订拆迁补偿协议，由于行政权力的介入，加之有关拆迁补偿和安置都是由开发商一个人说了算，是霸王条款，被拆迁人同意也罢，不同意也罢，都得拆，严重侵害了被拆迁人的利益。房主在整个拆迁过程中没有表达自己意愿、维护自己权益的机会。实际上，补偿费用和安置就是房主丧失房屋所有权的对价，房主对此岂能没有发言权？显然违反民法的意思自治原则。
三、房屋所有人和第三人合法权益得不到保障
集体土地上的房屋拆迁和城市房屋拆迁一样,涉及很多法律关系。如拆迁居住房屋涉及的搬迁补助费,过渡期内的临时安置费,拆迁农村集体经济组织以土地使用权入股联营等形式与其他单位、个人共同开办的企业所有的非居住房屋的补偿费问题,因拆迁造成的停产、停业损失及预期收益的补偿,对利用宅基地内自建房屋从事生产经营并持工商营业执照房屋的拆迁安置,拆迁农房租赁户时涉及的租赁法律关系等,即涉及房屋所有权人的利益,同时又涉及房屋所有人以外第三人的利益。由于没国家级法规规范,所在相当一部分地区对上述问题完全忽略,在实际操作时,只对房屋进行补偿,严重损害了房屋所有人和第三人的利益。对任何私人财产的拆迁都必须给予合理的补偿，这是一条基本准则。国家发展必然要征用土地，城市建设必须拆迁，这些都需要补偿。农民的土地给予多少补偿，城市居民给予多少补偿，这是比较尖锐的两个问题。在现实生活中，对于私有财产的保护，矛盾就集中在这两个问题上。应当肯定，补偿应该是公平合理的。如果能够给予公平合理的补偿，国家经济建设、城市发展便不会造成更大的社会矛盾、利益冲突，这是迫切需要解决的重要问题。
四、剥夺了农民的诉权
由于《土地管理法》将农民的房屋包含在“地上附着物”里，并没有将农民的房屋从征地中分离出来，所在在具体操作时征地单位将土地补偿费及“地上附着物”等一揽子支付给政府或村组，关于补偿方案又是政府或村组与征地单位协商。根据土地管理法的规定，补偿方案要经政府批准，对补偿方案有异议或不能达成协议，由政府部门处理。依据现行诉讼程序法精神，被征用方与征用方就征用补偿有关问题达不成协议，对行政裁决又不服，可以向人民法院提起行政诉讼。由于农民不是征用的一方，所以不能行使这种诉权，农民只能被迫接受政府裁决的方案。而事实上私权确实受到公权的侵犯,当私权利受到另一个私权利侵犯时，可以到法院提起民事诉讼等解决。而私权利受到公权力侵犯时，只有一个办法，就是提请行政复议和提起行政诉讼，告的还必须是具体行政行为。我国没有司法审查制度，没有违宪审查制度，无法去起诉政府的抽象行政行为。对于公权力的侵犯，只能通过行政诉讼和行政复议，对具体行政行为到法院寻求救济，对于政府的抽象行政行为，法院不予受理。从而造成老百姓求助无门、救济无门。所以对于政府的抽象行政行为，比如居民房屋拆迁补偿的办法，如果违反了法律或法律的精神，可以向法院提起诉讼，法院可以将政府作出的规定予以撤销。但是目前，碰到类似的问题，我们只能寄希望于政府自己来改变，没有其他救济手段，所以，要修改《行政诉讼法》，对于政府所作出的适用于所有人的补偿办法或土地征收补偿金额，如果实质上侵犯了农民的利益和居民的利益时，应当允许通过行政诉讼的办法予以司法救济。
集体土地房屋拆迁纠纷的处理一、集体土地房屋拆迁纠纷的处理——通过立法和体制途径
（一）明确规定公共利益的范围，以限制借“公共利益”目的滥用征收权的现象。
（二）建立公平合理的农民房屋拆迁补偿标准。坚持公平合理的补偿原则，以弥补农民使用的宅基地征收和集体经济组织收回宅基地的实际损失。在区分“公益目的”和“商业目的”的用地的基础上，按照原则性和灵活性的规定，分别制定出不同的最低补偿标准，充分保障农民的合法权益。同时，赋予宅基地使用者以真正民事意义上的物权，对宅基地所有者和使用者分别进行补偿。协商一致选择评估资质机构，对收征地上的被拆迁房进行市场评估。
（三）建立健全农民房屋拆迁的相关程序。设立征收和收回宅基地的公告或通知程序，保障农民的知情权和宅基地权利人的参与权，异议权。增设被拆迁农户的申辩权，充分听取宅基地所有人和使用人的意见，特别应使宅基地使用人有获得表达意见的机会。建立被拆迁农户的行政、司法救济权，避免地方政府同时充当决策者、规则制定者、征收方及纠纷的最后裁决者的多种角色。
二、集体土地房屋拆迁纠纷的处理——行政机关依法拆迁
（一）对拆迁主体、建设项目和建设用地许可证的核发进行严格的审查，避免公共利益的滥用。
（二）对拆迁人的拆迁安置补偿方案进行严格的审查，保证拆者有住房。
（三）对拆迁人与被拆迁农户订立的拆迁安置补偿合同进行严格的审查，使合同符合规范化的要求，发生纠纷便于操作；对拆迁安置补偿合同的履行情况进行监督，减少此类纠纷的发生。
三、集体土地房屋拆迁纠纷的处理——保护当事人的合法权益
（一）应建立专门审理农民房屋拆迁纠纷案件的合议庭；加强审判人员的学习和培训，提高承办法官办理该类案件的能力和技巧，逐步向审判的专业化、专门化发展；加强对此类纠纷案件的调查研究，做好司法分析，研究解决对策，尽可能实现司法的统一性。
（二）在当前法律、法规没有明确规定的情况下，审判人员在处理此类案件时，不仅要依照民法通则、合同法等民事法律的有关规定，来界定当事人之间的民事法律行为，而且还要参照土地管理法、城市房屋拆迁管理条例等行政法律、法规的规定，保护当事人平等的诉讼权利，按照等价有偿、公平合理的原则，正确处理农民房屋拆迁纠纷，保护当事人的合法权益，制裁违法行为。
（三）加强与有关部门的配合，协同作战，解决纠纷。此类案件涉及社会的方方面面，与千家万户农民的切身利益息息相关，往往以群体性诉讼的方式出现。因此，在审理案件中，人民法院应主动向当地党委、人大、政府汇报，与有关单位密切配合，充分动用政治、行政、法律等各种手段，多管齐下，解决纠纷，有效避免群体性上访、静坐等事件发生。
集体土地房屋拆迁要注意什么一、依法办理征地审批手续。因建设项目需要拆迁集体土地上的房屋，其前提是该土地被批准征收。我国《土地管理法》规定，任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地，建设占用土地，涉及农用地转化建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。依照法律规定因建设项目需要用地的首先应将集体土地征为国有，如项目建设不把集体土地依法征收为国有土地就实施房屋拆迁，从根本上违背了我国土地管理法的基本规定，没有土地征收审批手续，就没有拆迁集体土地上房屋的合法根据，边拆迁，边征地、先拆迁，后征地，都在法律禁止之列。
二、征地管理部门按征地被批准方案实施并发布拆迁公告。征收土地方案经批准后，市、县人民政府应当在被征收土地所在地的范围内予以公布。公告内容应包括批准征地机关、批准文号、征收土地的用途、范围、面积以及征地补偿标准、人员安置办法和办理征土补偿的期限等，尤其是集体土地征收中需拆迁房屋的，应在公告中明确被拆迁人应当在搬迁期限内完成搬迁。同时可通知有关部门在拆迁用地范围内暂停办理户口的迁入、分户；房屋的买卖、交换、翻建、租赁、抵押；核发营业执照等事宜。
三、拆迁主体要有合法的资格并按程序规定拆迁。在征收集体土地房屋拆迁过程中，有些拆迁主体是县、区政府，有些是乡、镇政府，还有的是无拆迁资质的有关部门，拆迁主体比较混乱，实际操作很不规范。目前，虽然对集体土地征收房屋拆迁我国还没有一部可操作性的法律法规，但根据现行法律法规还是应按照土地管理法的相关规定由县、区以上国土资源管理部门组织实施拆迁或委托县、区级国土资源管理部门实施拆迁为宜。而对房屋拆迁的程序具体可以参照国务院《城市房屋拆迁管理条例》的有关规定执行。
四、拆迁并进行房屋市场评估、拆迁补偿标准要统一。由于集体土地征收中房屋拆迁，没有一部较完善、完备的法律法规，且对房屋拆迁的补偿安置标准又不适用城市房屋拆迁的规定，所以造成拆迁补偿安置标准不统一。有的农户在期限内搬迁而所得补偿不如后搬迁的农户，使拆迁工作增加难度，拆迁人与被拆迁人容易引起矛盾，造成农户到处上访、哄闹，造成社会不稳定因素。为此，对集体土地征收中房屋拆迁，可根据拆一还一，不低于原来水平的原则，按房屋原有建筑物的结构类型和建筑面积的大小给予合理的补偿，或由政府统一筹建安置房或农民公寓、有条件的附近安排宅基地等进行合理安排安置。对集体土地上的房屋进行评估时，应征求农户意见，提供由三家具有省级以上建设行政主管部门核发的，三级以上的房地产评估资质机构进行评估，由被拆迁人优先选择评估机构，对收征地上的被拆迁房进行市场评估。
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