(一)侦查阶段收集证据不及时、不全面，难以弥补。在存疑不起诉的案件中，由于侦查工作不得力，造成存疑不起诉的主要表现：
1、侦查人员未能及时把握战机，从而造成侦查困难。
2、侦查人员工作责任心不强，致使证据灭失。如孙某投放危险物质案，因侦查人员未能妥善保管从现场提取的药瓶，导致丢失，造成投放毒物性质无法确定。
3、侦查人员证据意识不强，收集证据不全面，将本应收集的证据简单收集，甚至不予收集，使证据链条出现缺口，客观上给犯罪嫌疑人、证人翻证提供了可乘之机，造成证据不足而存疑不诉。如刘某故意伤害案，就缺少作案物证;赵某盗窃案，侦查人员对所盗物品的数量、型号、长短没有查清，从而不能认定盗窃具体数额。
(二)补充侦查的针对性不强，盲目性较大。存疑不起诉是以移送起诉的案件经过退回补充侦查仍不符合起诉条件为前提的，因此退回侦查机关和自侦部门补充侦查是一个关键环节。导致案件存疑不起诉的重要原因是补充侦查带有较大的盲目性。有的检察人员所列的补充侦查提纲缺乏针对性，对于定性起决定作用的关键证据没有通过补充侦查加以完善和充实。导致此问题发生的原因在于有的承办人对于法律规定的犯罪构成要件缺乏深刻的理解，特别是对那些修订后刑法新规定的罪名的构成要件缺乏深入的探讨与研究。在承办此类案件时只是凭过去积累的那些经验审查、分析、判断证据，因此对案件中存在的问题把握不准，导致补充侦查的盲目性较大。加之侦查人员“你要求什么我补充什么”的习惯性做法，造成“时限用尽，关键证据仍未补充”的被动局面，最终作存疑不起诉处理。
(三)对犯罪嫌疑人的翻供，未采取有力对策，使案件的事实无法再继续查清。由于犯罪嫌疑人在案发后处于将要和可能要被处以刑罚处罚的地位，因此，为了减轻或规避法律对其惩处，在审查起诉阶段推翻前供或时供时翻的现象经常发生，从而给案件审查带来困难，特别是在那些口供与其他证据“一对一”的案件中(如受贿案)，口供的变化有时会给案件的审查判断带来阻碍，甚至使案件处理处于进退两难境地。犯罪嫌疑人“时供时翻”或“一翻到底”的原因很复杂，除犯罪嫌疑人反侦查、反讯问等因素外，与侦查阶段的调查取证和审查起诉阶段提讯的方法、策略等都有一定关系。
如在提讯时不能围绕案件事实的要害问题有步骤地迂回进行讯问，或过早暴露讯问的直接目的，或不适时地向犯罪嫌疑人出示一些非关键性的证据，不但不能迫使其就范，相反，往往会使犯罪嫌疑人猜测到办案人员的讯问意图，增加其反侦查(讯问)的信心，人为地造成侦查困难。
(四)调查取证不细致，证人证言之间的矛盾不能合理排除。有些办案人员在办案中缺乏深入细致的“对比排他”工作。因为对证人证言的采信程度主要取决于办案人员对犯罪嫌疑人口供以及其他证据的相互印证和分析，对于相互矛盾或存在重大差异的证言，办案人员要客观细致地分析证人与犯罪嫌疑人有无利害关系、侦查阶段证人作证的
时间、地点和周围环境、证言之间的矛盾点以及产生矛盾的原因，有针对性地进行调查、核实工作，排除疑点与矛盾，而不能你怎么说我怎么记，将矛盾留给后面的诉讼阶段去解决，这样就难免造成经补充侦查仍证据不足的局面，致使案件存疑不起诉。
除上所述外，造成案件存疑不起诉的原因还有检察机关内部的自侦部门与起诉部门对证据是否充分认识不尽相同，如对XX涉嫌贪污一案已有的证据中，侦查部门认为确实充分，符合起诉标准，而起诉部门认为证据还不充分，一些怀疑尚不能排除，需要继续做工作，因而作了存疑不起诉处理。
存疑不起诉类型案件经过两次补充侦查，具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件。
（1）据以定案的证据存在疑问、无法查证属实的。
（2）犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的。
（3）证据之间的矛盾不能合理排除的。
（4）根据证据得出的结论具有其他可能性而无法排除的。
存疑不起诉后能否再提起公诉1、检察机关作出对存疑不起诉案件发现新证据后可提起公诉的规定，一方面突破了《刑事诉讼法》的规定，因为该法并未规定存疑不起诉后发现新证据可以再行起诉；另一方面，该规定对保障犯罪嫌疑人的合法权益极为不利。这种不利表现为：对于存疑不诉的被不起诉人，社会上对其会有“不清不白”的评价，罪与非罪悬而未决，社会各方面的排斥和冷遇时时可遇，日常活动很难开展。同时，由于高检院对何时发现新证据可再行起诉未作限制性规定，对未发现新证据的人，其直到死还会有案件挂着。因此，一些学者建议取消存疑不诉后再可起诉的规定。
“有法可依，有法必依，执法必严，违法必究”是我国法制的基本原则。《刑法》第四条也规定：“对任何人犯罪，在适用法律上一律平等。不允许任何人有超越法律的特权。”控诉犯罪，保护人民，保障国家安全和社会公共安全，维护社会主义社会秩序，是公安、检察机关的基本职责。公安、检察机关作为控诉犯罪的专门机关，理所当然有权力、也有责任在发现新证据，足以追究犯罪嫌疑人刑事责任的情况下，向法院提起公诉。
2、司法实践中，常有一些案件，由于关键证人短期内无法找到，共同犯罪案件其他犯罪嫌疑人在逃等原因，在犯罪嫌疑人拒不供述的情况下，往往很难排除一些合理怀疑，而基于办案期限，为保障人权，只能作出存疑不起诉决定，但这并不是说犯罪嫌疑人客观上没有犯罪，一旦相关证人找到，或者共犯被抓获，案情就会显得清清楚楚，此时如能证实原先被不起诉的犯罪嫌疑人有罪而不将其交付审判，实有悖“违法必究”和“法律面前人人平等”的原则。
当然，作为公安、检察机关也不应忽视客观存在的社会对存疑不起诉人的消极评价，为保障其权利，应加大对存疑不起诉案件的补查力度，尽量缩短查清案件的时间，早日给存疑不起诉人一个有罪无罪的明确结论。对此，有学者提出公诉时效的概念，即对存疑不起诉后再起诉权的行使规定一个合理的期限，从检察机关不起诉决定宣布之日起计算，在该期限内，检察机关对被不起诉人未能提起公诉的，不再保留公诉权。该建议有其合理性，值得研究。
存疑不起诉后能否继续适用强制措施实践中有这样的情况，一些公安机关在检察机关对存疑不起诉人宣布决定并予以释放后，立即对其采取监视居住或取保候审等强制措施，目的是为了便于对案件的进一步侦查，便于控制当事人（被不起诉人）。这样做不妥。理由有三：
一是这样做没有法律法规乃至司法解释依据。作为执法机关尤其是司法机关必须严格依法办事，法律未规定的权力不得行使，而作为守法者，法无禁止即可为。
二是这样做不符合“释放”的本质要求。《刑事诉讼法》第一百七十四条规定，不起诉决定，应当公开宣布，如果被不起诉人在押，应当立即释放。被释放意味着获得自由，而监视居住或取保候审均是对自由的限制。
三是这样做不符合不起诉的法律意义。检察机关的不起诉决定具有在起诉阶段终结刑事诉讼的法律效力，而所谓强制措施，是指公安机关、人民检察院和人民法院在刑事诉讼过程中，为了保证侦查、起诉和审判工作的顺利进行，防止犯罪嫌疑人、被告人、现行犯或重大嫌疑分子逃跑、自杀、隐匿罪证、继续犯罪或进行其他破坏活动，依法采取的暂时限制其人身自由的强制方法。强制措施适用于刑事诉讼过程中，而不起诉决定的宣布，标志着刑事诉讼的终结，强制措施也就失去了其存在的前提条件。
因此，在对存疑不起诉人宣布不起诉决定的同时，应解除对其适用的强制措施。
存疑不起诉后案件能否再用侦查权1、要对存疑不起诉的案件提起公诉，必须获得新证据，排除合理怀疑，真正做到事实清楚，证据确实充分。那么，如何获得新证据？由谁负责去收集新证据呢？法律和有关司法解释均未作规定。有人提出应由侦查机关或侦查部门去收集，因为它们熟悉情况，容易发现和收集有关证据，并提出由检察机关公诉部门将存疑不起诉的案件卷宗材料退还侦查机关或侦查部门，以强化侦查人员的责任感和证据意识。
2、将存疑不起诉案件的卷宗退还侦查机关或侦查部门的做法并不妥当。
首先，存疑不起诉的决定是建立在对卷宗证据材料的审查判断基础之上的，是对案件的最终处理结论，卷宗是支撑不起诉结论的基础，两者是不可分割的，没有了卷宗材料，不起诉决定就成了空穴来风，不仅不符合档案管理的要求，而且也不便于对作为复查重点的该类案件的复查。
其次，将存疑不起诉案件的卷宗退还侦查机关或侦查部门未必有利于新证据的收集。存疑不起诉案件都经过了一到两次的退查程序，用足了法定的侦查和审查起诉时限，可以说已尽足了努力，侦查人员的精力也是有限的，不可能光盯着一两个疑难案件而不做其他工作，事实上存疑不起诉后获得新证据再起诉的案例并不多见。
因此，应由检察机关来启动和主导对存疑不起诉案件新证据的收集。在具体操作上，可由检察机关公诉部门指定专人负责此项工作，定期与侦查机关和侦查人员沟通情况，及时了解相关信息，确定补查事宜。但在收集新证据的过程中，不可擅自使用侦查手段，因为如上所说，不起诉决定有终结刑事诉讼的法律效力，侦查程序也应终结，因此，在存疑不起诉决定被撤销前使用侦查手段是非法的。
3、那么，如何来收集、固定所需要的新证据呢？
对此可采用立案前的调查形式，先对有关新情况进行调查，并分析确定其对存疑不起诉案件所需证据的补强力度。如果经分析能补强到足以起诉的程度，即可由检察机关撤销原来的存疑不起诉决定，以恢复刑事诉讼程序，再采用侦查措施去将调查到的材料转变为法定证据。如果经审查案件达到了事实清楚，证据确实充分的程度，即可向人民法院提起公诉，并视情采取相应的强制措施。
存疑不起诉刑事赔偿根据最高法的规定：对于经检察机关作出存疑不起诉的决定的，应视为对案件作出的无罪的决定，按照法律规定，应予赔偿。
如果经过检察机关作出存疑不起诉的决定，被不起诉人已经获得国家赔偿的，但后来检察机关又发现新证据可以起诉，并且经法院认定为有罪，人民法院赔偿委员会应该撤销原决定，要求被不起诉人返还赔偿金。
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