检察院不予起诉的案件是否会留案底，需要具体分析：

　　1.如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底；

　　2.因犯罪情节轻微而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。

　　法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条

　　【依法不追诉原则】有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：

　　（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；

　　（二）犯罪已过追诉时效期限的；

　　（三）经特赦令免除刑罚的；

　　（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；

　　（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；

　　（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。

　　检察院审查案件是否符合法定不起诉的条件，或者检察院酌定不起诉。做出不起诉决定后应将不起诉决定书送达被不起诉人及其所在单位、被害人或者其近亲属以及被害人的诉讼代理人。随后应当解除被不起诉人的强制措施。

　　相关法律规定，犯罪嫌疑人没有犯罪事实，人民检察院应当作出不起诉决定。

　　对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。

　　人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。

　　找法网提醒您，检察院一般应当在一个月内做出不起诉决定，在特殊情况下，可延长至十五日。不起诉决定是指，在查明被告人的行为不构成犯罪或者具有法定其他不应追究刑事责任的情形时，所作的决定，实质上是人民检察院所作的-种终止诉讼的决定。